Abstract
FNR and SoxR are transcriptional regulators containing an iron–sulfur cluster. The iron–sulfur cluster in FNR acts as an oxygen sensor by reacting with oxygen. The structural change of the iron–sulfur cluster takes place when FNR senses oxygen, which regulates the transcriptional regulator activity of FNR through the change of the quaternary structure. SoxR contains the [2Fe–2S] cluster that regulates the transcriptional activator activity of SoxR. Only the oxidized SoxR containing the [2Fe–2S]2+ cluster is active as the transcriptional activator. CooA is a transcriptional activator containing a protoheme that acts as a CO sensor. CO is a physiological effector of CooA and regulates the transcriptional activator activity of CooA. In this review, the biochemical and biophysical properties of FNR, SoxR, and CooA are described.
Keywords
References
1.
Boyd J.
,
Oza M. N.
, and
Murphy J. R.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1990 , 87 , 5968 .
2.
Tao X.
,
Boyd J.
, and
Murphy J. R.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1992 , 89 , 5897 .
3.
Schmitt M. P.
,
Twiddy E. M.
, and
Holmes R. K.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1992 , 89 , 7576 .
4.
Tao X.
, and
Murphy J. R.
, J. Biol. Chem. , 1992 , 267 , 21761 .
5.
Schmitt M. P.
, and
Holmes R. K.
, Mol. Microbiol. , 1993 , 9 , 173 .
6.
Tao X.
,
Schiering N.
,
Zeng H. Y.
,
Ringe D.
, and
Murphy J. R.
, Mol. Microbiol. , 1994 , 14 , 191 .
7.
Qiu X.
,
Verlinde C. L.
,
Zhang S.
,
Schmitt M. P.
,
Holmes R. K.
, and
Hol W. G.
, Structure , 1995 , 3 , 87 .
8.
Schiering N.
,
Tao X.
,
Zeng H.
,
Murphy J. R.
,
Petsko G. A.
, and
Ringe D.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1995 , 92 , 9843 .
9.
Ding X.
,
Zeng H.
,
Schiering N.
,
Ringe D.
, and
Murphy J. R.
, Nat. Struc. Biol. , 1996 , 3 , 382 .
10.
Qiu X.
,
Pohl E.
,
Holmes R. K.
, and
Hol W. G.
, Biochemistry , 1996 , 35 , 12292 .
11.
Pohl E.
,
Qui X.
,
Must L. M.
,
Holmes R. K.
, and
Hol W. G.
, Protein Sci. , 1997 , 6 , 1114 .
12.
White A.
,
Ding X.
,
vanderSpek J. C.
,
Murphy J. R.
, and
Ringe D.
, Nature , 1998 , 394 , 502 .
13.
Pohl E.
,
Holmes R. K.
, and
Hol W. G.
, J. Biol. Chem. , 1998 , 273 , 22420 .
14.
Pohl E.
,
Holmes R. K.
, and
Hol W. G.
, J. Mol. Biol. , 1999 , 292 , 653 .
15.
Schmitt M. P.
,
Predich M.
,
Doukhan L.
,
Smith I.
, and
Holmes R. K.
, Infect. Immun. , 1995 , 63 , 4284 .
16.
Dussurget O.
,
Rodriguez M.
, and
Simith I.
, Mol. Microbiol. , 1996 , 22 , 535 .
17.
Pohl E.
,
Holmes R. K.
, and
Hol W. G.
, J. Mol. Biol. , 1999 , 285 , 1145 .
18.
Mouncey N. J.
,
Mitchenall L. A.
, and
Pau R. N.
, Microbiology , 1996 , 142 , 1997 .
19.
McNicholas P. M.
,
Rech S. A.
, and
Gunsalus R. P.
, Mol. Microbiol. , 1997 , 23 , 515 .
20.
Anderson L. A.
,
Palmer T.
,
Price N. C.
,
Bornemann S.
,
Boxer D. H.
, and
Pau R. N.
, Eur. J. Biochem. , 1997 , 246 , 119 .
21.
Grunden A. M.
, and
Shanmugam K. T.
, Arch. Microbiol. , 1997 , 168 , 345 .
22.
McNicholas P. M.
,
Mazzotta M. M.
,
Rech S. A.
, and
Gunsalus R. P.
, J. Bacteriol. , 1998 , 180 , 4638 .
23.
Grunden A. M.
,
Self W. T.
,
Villain M.
,
Blalock J. E.
, and
Shanmugam K. T.
, J. Biol. Chem. , 1999 , 274 , 24308 .
24.
Hall D. R.
,
Gourley D. G.
,
Leonard G. A.
,
Duke E. M.
,
Anderson L. A.
,
Boxer D. H.
, and
Hunter W. N.
, EMBO J. , 1999 , 18 , 1435 .
25.
Hall D. R.
,
Gourley D. G.
,
Duke E. M.
,
Leonard G. A.
,
Anderson L. A.
,
Pau R. N.
,
Boxer D. H.
, and
Hunter W. N.
Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. , 1999 , 55 , 542 .
26.
Thiele D. J.
, Mol. Cell. Biol. , 1988 , 8 , 2745 .
27.
Furst P.
, and
Hamer D.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1989 , 86 , 5267 .
28.
Cullotta V. C.
,
Hsu T.
,
Hu S.
,
Furst P.
, and
Hamer D.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1989 , 86 , 8377 .
29.
Hu S.
,
Furst P.
, and
Hamer D.
, New Biol. , 1990 , 2 , 544 .
30.
Casas-Finet J. R.
,
Hu S.
,
Hamer D.
, and
Karpel R. L.
, FEBS Lett. , 1991 , 281 , 205 .
31.
Dameron C. T.
,
Winge D. R.
,
George G. N.
,
Sansone M.
,
Hu S.
, and
Hamer D.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1991 , 88 , 6127 .
32.
Gralla E. B.
,
Thiele D. J.
,
Silar P.
, and
Valentine J. S.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1991 , 88 , 8558 .
33.
Casas-Finet J. R.
,
Hu S.
,
Hamer D.
, and
Karpel R. L.
, Biochemistry , 1992 , 31 , 6617 .
34.
Dameron C. T.
,
George G. N.
,
Arnold P.
,
Santhanagopalan V.
, and
Winge D. R.
, Biochemistry , 1993 , 32 , 7294 .
35.
Dobi A.
,
Dameron C. T.
,
Hu S.
,
Hamer D.
, and
Winge D.
, J. Biol. Chem. , 1995 , 270 , 10171 .
36.
Zhou P.
, and
Thiele D. J.
, Biofactors , 1993 , 4 , 105 .
37.
Thorvaldsen J. L.
,
Sewell A. K.
,
McCowen C. L.
, and
Winge D. R.
, J. Biol. Chem. , 1993 , 268 , 12512 .
38.
Winge D. R.
, Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. , 1998 , 58 , 165 .
39.
Winge D. R.
,
Dameron C. T.
, and
George G. N.
, Adv. Inorg. Biochem. , 1994 , 10 , 1 .
40.
Zhou P.
, and
Thiele D. J.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1991 , 88 , 6112 .
41.
Zhou P.
, and
Thiele D. J.
, Genes Dev. , 1993 , 7 , 1824 .
42.
Thorvaldsen J. L.
,
Sewell A. K.
,
Tanner A. M.
,
Peltier J. M.
,
Pickering I. J.
,
George G. N.
, and
Winge D. R.
, Biochemistry , 1994 , 33 , 9566 .
43.
Farrel R. A.
,
Thorvaldsen J. L.
, and
Winge D. R.
, Biochemistry , 1996 , 35 , 1571 .
44.
Graden J. A.
,
Posewitz M. C.
,
Simon J. R.
,
George G. N.
,
Pickering I. J.
, and
Winge D. R.
, Biochemistry , 1996 , 35 , 14583 .
45.
Turner R. B.
,
Smith D. L.
,
Zawrotny M. E.
,
Summers M. F.
,
Posewitz M. C.
, and
Winge D. R.
, Nat. Struct. Biol. , 1998 , 5 , 551 .
46.
O'Halloran T. V.
, and
Walsh C.
, Science , 1987 , 235 , 211 .
47.
O'Halloran T. V.
,
Frantz B.
,
Shin M. K.
,
Ralston D. M.
, and
Wright I. G.
, Cell , 1989 , 56 , 119 .
48.
Shewchuk L. M.
,
Helmann J. D.
,
Ross W.
,
Park S. J.
,
Summers A. O.
, and
Walsh C. T.
, Biochemistry , 1989 , 28 , 2340 .
49.
Shewchuk L. M.
,
Verdine G. L.
, and
Walsh C. T.
, Biochemistry , 1989 , 28 , 2331 .
50.
Shewchuk L. M.
,
Verdine G. L.
,
Nash H.
, and
Walsh C. T.
, Biochemistry , 1989 , 28 , 6140 .
51.
Helmann J. D.
,
Shewchuk L. M.
, and
Walsh C. T.
, Adv. Inorg. Biochem. , 1990 , 8 , 33 .
52.
Helmann J. D.
,
Ballard B. T.
, and
Walsh C. T.
, Science , 1990 , 247 , 946 .
53.
Ralston D. M.
, and
O'Halloran T. V.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1990 , 87 , 3846 .
54.
Frantz B.
, and
O'Halloran T. V.
, Biochemistry , 1990 , 29 , 4747 .
55.
Ansari A. Z.
,
Chael M. L.
, and
O'Halloran T. V.
, Nature , 1992 , 355 , 87 .
56.
Parkhill J.
,
Ansari A. Z.
,
Wright J. G.
,
Brown N. L.
, and
O'Halloran T. V.
, EMBO J. , 1993 , 12 , 413 .
57.
Livrelli V.
,
Lee I. W.
, and
Summers A. O.
, J. Biol. Chem. , 1993 , 268 , 2623 .
58.
Lee I. W.
,
Livrelli V.
,
Park S. J.
,
Totis P. A.
, and
Summers A. O.
, J. Biol. Chem. , 1993 , 268 , 2632 .
59.
Comess K. M.
,
Shewchuk L. M.
,
Ivanetich K.
, and
Walsh C. T.
, Biochemistry , 1994 , 33 , 4175 .
60.
Ansari A. Z.
,
Bradner J. E.
, and
O'Halloran T. V.
, Nature , 1995 , 374 , 371 .
61.
Utschig L. M.
,
Bryson J. W.
, and
O'Halloran T. V.
, Science , 1995 , 268 , 380 .
62.
Huffman D. L.
,
Utshig L. M.
, and
O'Halloran T. V.
, Met. Ions Biol. Ssyt. , 1997 , 34 , 503 .
63.
Zeng Q.
,
Stalhandske C.
,
Anderson M. C.
,
Scott R. A.
, and
Summers A. O.
, Biochemistry , 1998 , 37 , 15885 .
64.
Rother D.
,
Matters S.
, and
Altenbuchner J.
, Mol. Gen. Genet. , 1999 , 262 , 154 .
65.
Hoch J. A.
, and
Silhavy T. J.
(eds.). Two-component Signal Transduction. ASM Press , Washington, D. C. , 1995 .
66.
Gilles-Gonzalez M. A.
,
Ditta G. S.
, and
Helinski D. R.
, Nature , 1991 , 350 , 170 .
67.
Monson E. K.
,
Weinstein M.
,
Ditta G. S.
, and
Helinski D. R.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1992 , 89 , 4280 .
68.
Gilles-Gonzalez M. A.
, and
Gonzalez G.
, J. Biol. Chem. , 1993 , 268 , 16293 .
69.
Gilles-Gonzalez M. A.
, and
Gonzalez G.
,
Perutz M. F.
,
Liger L.
,
Marden M. C.
, and
Poyart C.
, Biochemistry , 1994 , 33 , 8067 .
70.
Bertolucci C.
,
Ming L. J.
,
Gonzalez G.
, and
Gilles-Gonzalez M. A.
, Chem. Biol. , 1996 , 3 , 561 .
71.
Tamura K.
,
Nakamura H.
,
Tanaka Y.
,
Oue S.
,
Tsukamoto K.
,
Nomura M.
,
Tsuchiya T.
,
Adachi S.
,
Takahashi S.
,
Iizuka T.
, and
Shiro Y.
, J. Am. Chem. Soc. , 1996 , 118 , 9434 .
72.
Rodgers K. R.
,
Lukat-Rodgers G. S.
, and
Barron J. A.
, Biochemistry , 1996 , 35 , 9539 .
73.
Winkler W. C.
,
Gonzalez G.
,
Wittenberg J. B.
,
Hille R.
,
Dakappagari N.
,
Jacob A.
,
Gonzalez L. A.
, and
Gilles-Gonzalez M. A.
, Chem. Biol. , 1996 , 3 , 841 .
74.
Lukat-Rodgers G. S.
, and
Rodgers K. R.
, Biochemistry , 1997 , 36 , 4178 .
75.
Nakamura H.
,
Saito K.
,
Ito E.
,
Tamura K.
,
Tsuchiya T.
,
Nishigaki K.
,
Shiro Y.
, and
Iizuka T.
, Biochem. Biophys. Res. Commun. , 1998 , 247 , 427 .
76.
Gonzalez G.
,
Gilles-Gonzalez M. A.
,
Rybak-Akimova E. V.
,
Buchalova M.
, and
Busch D. H.
, Biochemistry , 1998 , 37 , 10188 .
77.
Lukat-Rodgers G. S.
,
Rexine J. L.
, and
Rodgers K. R.
, Biochemistry , 1998 , 37 , 13543 .
78.
Rodgers K. R.
, Curr. Opin. Chem. Biol. , 1999 , 3 , 158 .
79.
Miyatake H.
,
Mukai M.
,
Adachi S.
,
Nakamura H.
,
Tamura K.
,
Tanida H.
,
Tsuchiya T.
,
Iizuka T.
, and
Shiro Y.
, Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. , 1999 , 55 , 1215 .
80.
Pellequer J. L.
,
Brudler R.
, and
Getzoff E. D.
, Curr. Biol. , 1999 , 9 , R416 .
81.
Miyatake H.
,
Mukai M.
,
Adachi S.
,
Nakamura H.
,
Tamura K.
,
Iizuka T.
,
Shiro Y.
,
Strange R. W.
, and
Hasnain S. S.
, J. Biol. Chem. , 1999 , 274 , 23176 .
82.
Lois A. F.
,
Weinstein M.
,
Ditta G. S.
, and
Helinski D. R.
, J. Biol. Chem. , 1993 , 268 , 4370 .
83.
Agron P. G.
,
Ditta G. S.
, and
Helinski D. R.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1993 , 90 , 3506 .
84.
Monson E. K.
,
Ditta G. S.
, and
Helinski D. R.
, J. Biol. Chem. , 1995 , 270 , 5243 .
85.
Gilles-Gonzalez M. A.
,
Gonzalez G.
, and
Perutz M. F.
, Biochemistry , 1995 , 34 , 232 .
86.
Gong W.
,
Hao B.
,
Mansy S. S.
,
Gonzalez G.
,
Gilles-Gonzalez M. A.
, and
Chan M. K.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1998 , 95 , 15177 .
87.
Rouault T. A.
,
Haile D. J.
,
Downey W. E.
,
Philpott C. C.
,
Tang C.
,
Samaniego F.
,
Chin J.
,
Paul I.
,
Orloff D.
, and
Harford J. B.
, Biometals , 1992 , 5 , 131 .
88.
Beinert H.
, and
Kennedy M. C.
, FASEB J. , 1993 , 7 , 1442 .
89.
Paraskeva E.
, and
Hentze M. W.
, FEBS Lett. , 1996 , 389 , 40 .
90.
Rouault T.
, and
Klausner R.
, Curr. Top. Cell. Regul. , 1997 , 35 , 1 .
91.
O'Halloran T. V.
, Science , 1993 , 261 , 715 .
92.
Kü hn L. C.
,
Hiring H.
,
Henderson B.
,
Emery-Goodman A.
,
Neupert B.
, and
Kaldy P.
, In: Progress in Iron Research (eds.
Hershko C.
,
Konijn A. M.
, and
Aisen P.
), Plenum Press , New York , 1994 , pp. 101 –109 .
93.
Theil E. C.
,
McKenzie A.
, and
Sierzputowska-Gracz H.
, In: Progress in Iron Research (eds.
Hershko C.
,
Konijn A. M.
, and
Aisen P.
), Plenum Press , New York , 1994 , pp. 111 –118 .
94.
Hentze M. W.
, In: Progress in Iron Research (eds.
Hershko C.
,
Konijn A. M.
, and
Aisen P.
), Plenum Press , New York , 1994 , pp. 119 –126 .
95.
Klausner R. D.
,
Rouault T. A.
, and
Harford J. B.
, Cell , 1993 , 72 , 19 .
96.
Haile D. J.
,
Rouault T. A.
,
Tang C. K.
,
Chin J.
,
Harford J. B.
, and
Klausner R. D.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1992 , 89 , 7536 .
97.
Haile D. J.
,
Rouault T. A.
,
Harford J. B.
,
Kennedy M. C.
,
Blondin G. A.
,
Beinert H.
, and
Klausner R. D.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1992 , 89 , 11735 .
98.
Emery-Goodman A.
,
Hirling H.
,
Scarpellino L.
,
Henderson B.
, and
Kuhn L. C.
, Nucleic Acids Res. , 1993 , 21 , 1457 .
99.
Philpott C. C.
,
Haile D.
,
Rouault T. A.
, and
Klausner R. D.
, J. Biol. Chem. , 1993 , 268 , 17655 .
100.
Basilion J. P.
,
Kennedy M. C.
,
Beinert H.
,
Massinople C. M.
,
Klausner R. D.
, and
Rouault T. A.
, Arch. Biochem. Biophys. , 1994 , 311 , 517 .
101.
Shaw D. J.
, and
Guest J. R.
, Nucleic Acids Res. , 1982 , 10 , 6119 .
102.
Spiro S.
, and
Guest J. R.
, Tren. Biochem. Sci. , 1991 , 16 , 310 .
103.
Guest J. R.
, J. Gen. Microbiol. , 1992 , 138 , 2253 .
104.
Unden G.
, and
Schirawski J.
, Mol. Microbiol. , 1997 , 25 , 205 .
105.
Kiley P. J.
, and
Beinert H.
, FEMS Microbiol. Rev. , 1999 , 22 , 341 .
106.
Sawers G.
, Curr. Opin. Microbiol. , 1999 , 2 , 181 .
107.
Lazazzera B. A.
,
Beinert H.
,
Khoroshilova N.
,
Kennedy M. C.
, and
Kiley P. J.
, J. Biol. Chem. , 1996 , 271 , 2762 .
108.
Spiro S.
, and
Guest J. R.
, Mol. Microbiol. , 1998 , 2 , 701 .
109.
Trageser M.
, and
Unden G.
, Mol. Microbiol. , 1989 , 3 , 593 .
110.
Green J.
,
Sharrocks A. D.
,
Green B.
,
Geisow M.
, and
Guest J. R.
, Mol. Microbiol. , 1993 , 8 , 61 .
111.
Sharrocks A.
,
Green J.
, and
Guest J. R.
, FEBS Lett. , 1990 , 270 , 119 .
112.
Melville S. B.
, and
Gunsalus R. P.
, J. Biol. Chem. , 1990 , 265 , 18733 .
113.
Six S.
,
Trageser M.
,
Kojro E.
,
Fahrenholz F.
, and
Unden G.
, J. Inorg. Biochem. , 1996 , 62 , 89 .
114.
Green J.
,
Trageser M.
,
Six S.
,
Unden G.
, and
Guest J. R.
, Proc. R. Soc. London B , 1991 , 244 , 137 .
115.
Lazazzera B. A.
,
Bates D. M.
, and
Kiley P. J.
, Genes Dev. , 1993 , 7 , 1993 .
116.
Khoroshilova N.
,
Beinert H.
, and
Kiley P. J.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1995 , 92 , 2499 .
117.
Khoroshilova N.
,
Popescu C.
,
Münck E.
,
Beinert H.
, and
Kiley P. J.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1997 , 94 , 6087 .
118.
Popescu C. V.
,
Bates D. M.
,
Beinert H.
,
Mü nck E.
, and
Kiley P. J.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1998 , 95 , 13431 .
119.
Gardner P. R.
, and
Fridovich I.
, J. Biol. Chem. , 1991 , 266 , 19328 .
120.
Flint D.
,
Tuminello J.
, and
Emptage M.
, J. Biol. Chem. , 1993 , 268 , 22369 .
121.
Aono S.
,
Fukuda N.
, and
Okura I.
, J. Mol. Catal. A: Chem. , 1995 , 95 , 173 .
122.
Beinert H.
,
Kennedy M. C.
, and
Stout D. C.
, Chem. Rev. , 1996 , 96 , 2335 .
123.
Bates D. M.
,
Lazazzera B. A.
, and
Kiley P. J.
, J. Bacteriol. , 1995 , 177 , 3972 .
124.
Ziegelhoffer E. C.
, and
Keley P. J.
, J. Mol. Biol. , 1995 , 245 , 351 .
125.
Khoroshilova N.
,
Beinert H.
, and
Kiley P. J.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1995 , 92 , 2499 .
126.
Melville S. B.
, and
Gunsalus R.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1996 , 93 , 1226 .
127.
Kolb A.
,
Busby S.
,
Buc H.
,
Garges S.
, and
Adhya S.
, Annu. Rev. Biochem. , 1993 , 62 , 749 .
128.
Farr S. B.
, and
Kogoma T.
, Microbiol. Rev. , 1991 , 55 , 561 .
129.
Demple B.
, Annu. Rev. Genet. , 1991 , 25 , 315 .
130.
Rosner J. L.
, and
Storz G.
, Curr. Top. Cell. Reg. , 1997 , 35 , 163 .
131.
Storz G.
, and
Imlay J. A.
, Curr. Opin. Microbiol. , 1999 , 2 , 188 .
132.
Storz G.
,
Tartaglia L. A.
, and
Ames B. N.
, Antonie van Leeuwenhoek , 1990 , 58 , 157 .
133.
Storz G.
, and
Tartaglia L. A.
, J. Nutr. , 1992 , 122 , 627 .
134.
Schellhorn H. E.
, FEMS Microbiol. Lett. , 1995 , 131 , 113 .
135.
Zheng M.
,
Aslund F.
, and
Storz G.
, Science , 1998 , 279 , 1718 .
136.
Aslund F.
, and
Beckwith J.
, Cell , 1999 , 96 , 751 .
137.
Aslund F.
,
Zheng M.
,
Beckwith J.
, and
Storz G.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1999 , 96 , 6161 .
138.
Tsaneva I. R.
, and
Weiss B.
, J. Bacteriol. , 1990 , 172 , 4197 .
139.
Demple B.
, and
Amá bile-Cuevas C. F.
, Cell , 1991 , 67 , 837 .
140.
Wu J.
, and
Weiss B.
, J. Bacteriol. , 1991 , 173 , 2864 .
141.
Demple B.
, Gene , 1996 , 179 , 53 .
142.
Hidalgo E.
,
Ding H.
, and
Demple B.
, Trend. Biochem. Sci. , 1997 , 22 , 207 .
143.
Demple B.
, Clin. Exp. Pharm. Physiol. , 1999 , 26 , 64 .
144.
Demple B.
,
Hidalgo E.
, and
Ding H.
, Biochem. Soc. Symp. , 1999 , 64 , 119 .
145.
Liochev S. I.
,
Benov L.
,
Touati D.
, and
Fridovich I.
, J. Biol. Chem. , 1999 , 274 , 9479 .
146.
Amá bile-Cuevas C. F.
, and
Demple B.
, Nucleic Acids Res. , 1991 , 19 , 4479 .
147.
Hidalgo E.
, and
Demple B.
, EMBO J. , 1994 , 13 , 138 .
148.
Beinert H.
, and
Kiley P. J.
, Curr. Opin. Chem. Biol. , 1999 , 3 , 152 .
149.
Johnson M. K.
, Curr. Opin. Chem. Biol. , 1998 , 2 , 173 .
150.
Wu J.
,
Dunham W. R.
, and
Weiss B.
, J. Biol. Chem. , 1995 , 270 , 10323 .
151.
Hidalgo E.
,
Bollinger J. M.
Jr.
,
Bradley T. M.
,
Walsh C. T.
, and
Demple B.
, J. Biol. Chem. , 1995 , 270 , 20908 .
152.
Ding H.
,
Hidalgo E.
, and
Demple B.
, J. Biol. Chem. , 1996 , 271 , 33173 .
153.
Bradley T. M.
,
Hidalgo E.
,
Leautaud V.
,
Ding H.
, and
Demple B.
, Nucleic Acids Res. , 1997 , 25 , 1469 .
154.
Aono S.
,
Nakajima H.
, and
Saito K.
, J. Mol. Catal. B: Enzy. , 1998 , 4 , 283 .
155.
Matsubara H.
, and
Saeki K.
, Adv. Inorg. Chem. , 1992 , 38 , 223 .
156.
Hidalgo E.
, and
Demple B.
, J. Biol. Chem. , 1996 , 271 , 7269 .
157.
Gaudu P.
, and
Weiss B.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1996 , 93 , 10094 .
158.
Ding H.
, and
Demple B.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1997 , 94 , 8445 .
159.
Gaudu P.
,
Moon N.
, and
Weiss B.
, J. Biol. Chem. , 1997 , 272 , 5082 .
160.
Nunoshiba T.
, and
Demple B.
, Nucleic Acids Res. , 1994 , 22 , 2958 .
161.
Hidalgo E.
,
Ding H.
, and
Demple B.
, Cell , 1997 , 88 , 121 .
162.
Kobayashi K.
, and
Tagawa S.
, FEBS Lett. , 1999 , 451 , 227 .
163.
Hidalgo E.
, and
Demple B.
, EMBO J. , 1997 , 16 , 1056 .
164.
Russell D. R.
, and
Bennett G. N.
, Gene , 1982 , 20 , 231 .
165.
Kerby R. L.
,
Hong S. S.
,
Ensign S. A.
,
Coppoc L. J.
,
Ludden P. W.
, and
Roberts G. P.
, J. Bacteriol. , 1992 , 174 , 5284 .
166.
Kerby R. L.
,
Ludden P. W.
, and
Roberts G. P.
, J. Bacteriol. , 1995 , 177 , 2241 .
167.
Shelver D.
,
Kerby R. L.
,
He Y.
, and
Roberts G. P.
, J. Bacteriol. , 1995 , 177 , 2157 .
168.
He Y.
,
Shelver D.
,
Kerby R. L.
, and
Roberts G. P.
, J. Biol. Chem. , 1996 , 271 , 120 .
169.
Fox J. D.
,
He Y.
,
Shelver D.
,
Roberts G. P.
, and
Ludden P. W.
, J. Bacteriol. , 1996 , 178 , 6200 .
170.
Shelver D.
,
Kerby R. L.
,
He Y.
, and
Roberts G. P.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1997 , 94 , 11216 .
171.
Aono S.
,
Ohkubo K.
,
Matsuo T.
, and
Nakajima H.
, J. Biol. Chem. , 1998 , 273 , 25757 .
172.
Anderson W. B.
,
Schneider A. B.
,
Emmer M.
,
Perlman R. L.
, and
Pastan I.
, J. Biol. Chem. , 1971 , 246 , 5928 .
173.
Aiba H.
,
Fujimoto S.
, and
Ozaki N.
, Nucl. Acids Res. , 1982 , 10 , 1345 .
174.
Cossart P.
, and
Ozaki N.
, Nucl. Acids Res. , 1982 , 10 , 1363 .
175.
Weber I.
, and
Steitz T. A.
, J. Mol. Biol. , 1987 , 198 , 311 .
176.
Schultz S.
,
Shields G.
, and
Steitz T. A.
, Science , 1991 , 253 , 1001 .
177.
Parkinson G.
,
Wilson C.
,
Gunasekera A.
,
Ebright Y.
,
Ebright R.
, and
Berman H.
, J. Mol. Biol. , 1996 , 260 , 395 .
178.
Krakow J. S.
, and
Pastan I.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1973 , 70 , 2529 .
179.
Eilen E.
,
Pampeno C.
, and
Krakow J. S.
, Biochemistry , 1978 , 17 , 2469 .
180.
Aono S.
,
Matsuo T.
,
Shimono T.
,
Ohkubo K.
,
Takasaki H.
, and
Nakajima H.
, Biochem. Biophys. Res. Commun. , 1997 , 240 , 783 .
181.
de Crombrugghe B.
,
Busby S.
, and
Buc H.
, Science , 1984 , 224 , 831 .
182.
Aono S.
,
Nakajima H.
,
Saito K.
, and
Okada M.
, Biochem. Biophys. Res. Commun. , 1996 , 228 , 752 .
183.
Dawson J. H.
, and
Sono M.
, Chem. Rev. , 1987 , 87 , 1257 .
184.
Raphael A. L.
, and
Gray H. B.
, J. Am. Chem. Soc. , 1991 , 113 , 1038 .
185.
Aono S.
, and
Nakajima H.
, Coord. Chem. Rev. , 1999 , 190-192 , 267 .
186.
Dawson J. H.
,
Andersson L. A.
, and
Sono M.
, J. Biol. Chem. , 1982 , 257 , 3606 .
187.
Martinis S. A.
,
Blanke S. R.
,
Hager L. P.
,
Sligar S. G.
,
Hoa G. H. B.
,
Rux J. J.
, and
Dawson J. H.
, Biochemistry , 1996 , 35 , 14530 .
188.
Dhawan I. K.
,
Shwlver D.
,
Thorsteinsson M. V.
,
Roberts G. P.
, and
Johnson M. K.
, Biochemistry , 1999 , 38 , 12805 .
189.
Uchida T.
,
Ishikawa H.
,
Takahashi S.
,
Ishimori K.
,
Morishima I.
,
Ohkubo K.
,
Nakajima H.
, and
Aono S.
, J. Biol. Chem. , 1998 , 273 , 19988 .
190.
Kitagawa T.
,
Kyogoku Y.
,
Iizuka T.
,
Ikeda-Saito M.
, and
Yamanaka T.
, J. Biochem. , 1975 , 78 , 719 .
191.
Kery V.
,
Bukovska G.
, and
Kraus J. P.
, J. Biol. Chem. , 1994 , 269 , 25283 .
192.
Dawson J. H.
,
Andersson L. A.
, and
Sono M.
, J. Biol. Chem. , 1983 , 258 , 13637 .
193.
Svastits E. W.
,
Alberta J. A.
,
Kim I.
, and
Dawson J. H.
, Biochem. Biophys. Res. Commun. , 1989 , 165 , 1170 .
194.
Hasegawa T.
,
Sadano H.
, and
Omura T.
, J. Biochem. , 1984 , 96 , 265 .
195.
Omura T.
,
Sadano H.
,
Hasegawa T.
,
Yoshida Y.
, and
Kominami S.
, J. Biochem. , 1984 , 96 , 1491 .
196.
Morikis D.
,
Champion P. M.
,
Springer B. A.
, and
Sligar S. G.
, Biochemistry , 1989 , 28 , 4791 .
197.
Belovolova L. V.
,
Bliumenfel'd L. A.
,
Burbaev D. Sh.
, and
Vanin A. F.
, Mol. Biol. (Mosk) , 1975 , 9 , 934 .
198.
Sono M.
,
Hager L. P.
, and
Dawson J. H.
, Biochim. Biophys. Acta , 1991 , 1078 , 351 .
199.
Blanke S. R.
,
Martinis S. A.
,
Sligar S. G.
,
Hager L. P.
,
Rux J. J.
, and
Dawson J. H.
, Biochemistry , 1996 , 35 , 14537 .
200.
White K. A.
, and
Marletta M. A.
, Biochemistry , 1992 , 31 , 6627 .
201.
Poulos T. L.
,
Finzel B. C.
,
Gunsalus I. C.
,
Wagner G. C.
, and
Kraut J.
, J. Biol. Chem. , 1985 , 260 , 16122 .
202.
Dawson J. H.
, Science , 1988 , 240 , 433 .
203.
Williams P. A.
,
Fü lop V.
,
Garman E. F.
,
Saunders N. F. W.
,
Ferguson S. J.
, and
Hajdu J.
, Nature , 1997 , 389 , 406 .
204.
Fü lop V.
,
Moir J. W. B.
,
Ferguson S. J.
, and
Hajdu J.
, Cell , 1995 , 81 , 369 .
205.
Nakajima H.
, and
Aono S.
, Chem. Lett. , 1999 , 1233 .
206.
Feinberg B. A.
,
Liu X.
,
Ryan M. D.
,
Schejter A.
,
Zhang C.
, and
Margoliash E.
, Biochemistry , 1998 , 37 , 13091 .
207.
Nakajima H.
,
Matsuo T.
,
Tawara T.
, and
Aono S.
, J. Inorg. Biochem. , 2000 , 78 , 63 .
208.
Garges S.
, and
Adhya S.
, Cell , 1985 , 41 , 745 .
209.
Kim J.
,
Adhya S.
, and
Garges S.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1992 , 89 , 9700 .
210.
Ryu S.
,
Kim J.
,
Adhya S.
, and
Garges S.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1993 , 90 , 75 .
211.
Steitz T. A.
, Q. Rev. Biophys. , 1990 , 23 , 205 .
212.
Aono A.
,
Takasaki H.
,
Unno H.
,
Kamiya T.
, and
Nakajima H.
, Biochem. Biophys. Res. Commun. , 1999 , 261 , 270 .
213.
Zhang X.
, and
Ebright R. H.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1990 , 87 , 4717 .
214.
Vogel K. M.
,
Spiro T. G.
,
Shelver D.
,
Thorsteinsson M. V.
, and
Roberts G. P.
, Biochemistry , 1999 , 38 , 2679 .
215.
Jordan S. R.
, and
Pabo C. O.
, Science , 1988 , 242 , 893 .
216.
Pabo C. O.
, and
Sauer R. T.
, Annu. Rev. Biochem. , 1992 , 61 , 1053 .
217.
Seeman N. C.
,
Rosenberg J. M.
, and
Rich A.
, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , 1976 , 73 , 804 .