In alcune malattie degenerative la RM dimostra la distribuzione dell'atrofia meglio della TC senza ulteriori vantaggi. In alcuni gruppi di malattie dei nuclei della base, la RM ad alta intensità di campo dimostra in modo peculiare accumuli o distribuzioni abnormi di ferro. Malattie della sostanza bianca, come le leucodistrofie e particolarmente le malattie demielinizzanti, hanno trovato nella RM il miglior mezzo diagnostico. La RM è s̀olitamente superiore alla TC anche nella dimostrazione di piccole lesioni infiammatorie.
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